上海交通大学环境科学与工程学院党委下设14个党支部，其中教工党支部5个，学生党支部9个。目前，学院共有党员233人，其中教工党员71人，学生党员162人。学院党委始终以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入学习贯彻党的十八大和十九大精神，扎实推进“两学一做”学习教育制度化常态化，充分发挥党委的政治核心作用、党支部的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用，稳步推进党的建设和思想教育工作，坚持为学院的中心工作保驾护航，与学院行政同心协力完成教学、科研和管理等各项工作。形成了团结奋进的领导班子、充满活力的基层组织、薪火相传的师德师风，和凝心聚力一心发展的干劲，在学院成长的征途上树起了一面面的旗帜。

近些年学院在党建工作上进行大胆尝试，打破师生、专业壁垒，在“水专项”洱海项目实施过程中，把党支部建在国家重大科研项目一线，提升了团队的凝聚力和战斗力，以高质量党建引领推动高质量发展，加快学院建设步伐。2018年洱海项目党支部案例被遴选优秀案例编入中组部党员教育和干部测评中心与教育部思想政治工作司编写的《基层党组织书记案例选编（高校版）》第九章中、次年洱海项目党支部案例被全国党建研究会2019年指定课题案例、2019年上海交通大学云南（大理）研究院被评为国务院第七次全国民族团结进步模范集体。